Comme pour la saison précédente, cette saison 4 se divise en deux parties. La première partie adapte le roman The Untold Origins of the Detective Agency et la seconde reprend directement après la fin de la troisième saison. Plus de dix ans avant les événements de la série, une rencontre fortuite amène Yukichi Fukuzawa, garde du corps professionnel, à prendre sous son aile un jeune génie arrogant nommé Ranpo Edogawa. Cette rencontre va pousser Yukichi à créer l'Agence des Détectives Armés, une organisation qui se charge des missions dangereuses que même la police ne peut gérer !