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Kudo Shinichi est un lycéen de dix-sept ans que l'on surnomme le « Sherlock Holmes moderne ». Cependant, un soir, après un rendez-vous avec Ran, son amour d'enfance, Shinichi est témoin d'un trafic illégal. Pris au dépourvu, il est assommé et on lui administre une drogue censée le tuer... mais il se réveille et se retrouve rétréci à l'âge de sept ans. Afin de retrouver les hommes qui lui ont fait ça, Shinichi a caché son identité et s'est installé chez Ran, dont le père est un détective désespéré, ce qui l'a conduit à devoir résoudre une série de meurtres et de mystères.