Le film raconte l'histoire d'une mystérieuse jeune fille nommée Éclair qui apparaît devant Fairy Tail, la guilde de magiciens la plus célèbre au monde. Elle a perdu tous ses souvenirs, à l'exception d'une mission impérative : livrer deux pierres de phénix à un endroit précis. Ces pierres pourraient causer la destruction du monde magique, et Natsu, Lucy et le reste de la guilde Fairy Tail se retrouvent pris dans cette intrigue.