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Comme pour la saison précédente, la troisième saison de la série animée Bungo Stray Dogs se divise en deux parties. La première partie adapte le roman Dazai, Chūya, Fifteen Years Old et la seconde reprend directement après la fin de la seconde saison.
Le fantôme de l'ancien patron hante la Mafia Portuaire. À l'âge de quinze ans, Dazai Osamu, sous l'œil attentif de Mori Ôgai, reçoit sa première mission pour enquêter sur la question. L'enquête le mène à Nakahara Chûya, le tristement célèbre "Roi des Brebis", un groupe rival de mineurs.
La vie des membres des Brebis étant entre les mains de la Mafia Portuaire, Chūya accepte contre son gré de travailler aux côtés de Dazai afin de dévoiler la vérité derrière l'ancien patron de la Mafia.