Après cinq ans de sentiments inavoués, le lycéen Taiju Ooki est enfin prêt à avouer son amour à Yuzuriha Ogawa. Mais au moment où Taiju commence sa confession, une lumière verte aveuglante frappe la Terre et pétrifie l'humanité, la transformant en pierre. Plusieurs millénaires plus tard, Taiju se réveille et découvre que le monde moderne n'existe plus, la nature s'étant épanouie pendant les années où l'humanité s'est arrêtée. Dans un monde de statues en pierre, Taiju rencontre un autre être humain vivant : son ami Senkuu, passionné de science et actif depuis quelques mois. Taiju apprend que Senkuu a mis au point un plan grandiose : relancer complètement la civilisation grâce à la science. Les muscles de Taiju et le cerveau de Senkuu s'allient pour former un formidable partenariat, et ils découvrent bientôt une méthode pour ranimer les personnes pétrifiées. Cependant, le plan de Senkuu est menacé lorsque ses idéologies sont remises en question par ceux qui s'éveillent. Pendant ce temps, la raison de la pétrification de l'humanité reste inconnue.