La deuxième saison de Dr. STONE Armé du pouvoir de la science et d'une intelligence de génie, Senkuu est déterminé à sauver l'humanité. Cependant, l'empire de Tsukasa passe à l'offensive pour stopper les progrès de la science. Des choix plus audacieux sont faits alors que ces deux-là déclenchent une guerre qui ébranle le Stone World.