Plusieurs années après Le fruit de Grisaia... L'ancienne « Académie Mihama », un sanctuaire pour jeunes filles, a été transformée en une école de formation SORD (Special Organization for Research & Development) dédiée à la formation de talents pour la défense nationale. Rena et Maki sont spécialisées dans les armes à feu, Tohka et Gumi excellent dans le tir de précision, Chris s'occupe des explosifs et du traitement des données, et Murasaki est un ninja doué pour les opérations de renseignement. Ensemble, ils s'attaquent à des affaires trop complexes pour la police ou les forces d'autodéfense, et sont régulièrement confrontés à des missions dangereuses. C'est l'histoire de ces jeunes filles, peinte dans le sang et la poudre.