Sin Kiske, l'enfant interdit d'une humaine et d'une arme biologique magique appelée Gear, vit dans un monde où la magie a remplacé la science et où les cicatrices de la rébellion des Gear demeurent. Alors qu'il assiste au mariage de ses parents, il rencontre une mystérieuse jeune fille qui voue une haine profonde aux Gears. Leur rencontre fatale risque de bouleverser le monde une fois de plus.