Yaiba est un jeune samouraï d'une dizaine d'année, élevé dans la jungle par son père, Kenjûrô. Il montre déjà des dons pour cette technique de combat. Soudainement, son père et lui se retrouvent à Tokyo. À l'aéroport, Kenjûrô y rencontre une vieille connaissance, Raizô. Il décide alors de s'inviter chez lui. Commence alors pour Yaiba une vie citadine pleine de découvertes. Il suit la fille de Raizô, Sayaka, dans sa vie quotidienne et se fait rapidement remarquer par sa technique de combat. Le maître décide alors de le confronter au samuraî le plus expérimenté du dojo, Takeshi Onimaru. Yaiba trouve un adversaire à sa taille. Le petit samuraï, provoque sans cesse Onimaru et l'entraine dans des pièges puérils qui l'exaspèrent. Un puissant combat s'engage alors entre les deux samouraïs. Onimaru décide de se venger de ce combat qui ne les a toujours pas départagé. C'est alors qu'Onimaru découvre un sabre magique où l'esprit du dieu du vent y est enfermé.