L'histoire suit Suzume, une jeune fille de 17 ans d'une petite ville tranquille de Kyushu, qui rencontre un jeune homme à la recherche d'une porte. Ils trouvent une porte dans les ruines d'une montagne et Suzume l'ouvre. Bientôt, d'autres portes commencent à s'ouvrir dans tout le Japon, apportant des catastrophes de l'autre côté. Le film dépeint la libération et la croissance de Suzume, qui ferme les portes à l'origine du désastre.